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(GelRed)一種穩(wěn)定、安全、靈敏的核酸熒光染料

更新時間:2022-06-16      瀏覽次數(shù):7916

(GelRed)一種穩(wěn)定、安全、靈敏的核酸熒光染料


GelRed是一種穩(wěn)定、安全、靈敏的核酸熒光染料,通過靜電及電荷相互作用結(jié)合到核酸上,可直接替代劇毒的溴化乙錠(EB),且靈敏度遠(yuǎn)高于EB,常用于瓊脂糖凝膠或聚丙烯酰胺凝膠中dsDNA(雙鏈DNA)、ssDNA(單鏈DNA)或RNA的染色。GelRed結(jié)合單鏈DNA和RNA熒光信號約是結(jié)合雙鏈DNA的一半左右。

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經(jīng)過一系列的測試,GelRed對于手套和細(xì)胞膜都是不能穿透的。在濃度遠(yuǎn)高于凝膠染色工作濃度的情況下,染料也是無細(xì)胞毒性和非誘變性的。


使用方法

GelRed可以預(yù)制到瓊脂糖凝膠中,但是GelRed可能會影響到預(yù)制膠中DNA樣品的遷移率和分辨率,因此推薦使用凝膠后染色法(泡染法)。在聚丙烯酰胺凝膠中不推薦使用預(yù)制凝膠的方法,好用泡染法。GelRed染色凝膠適用于下游的應(yīng)用,如克隆、連接和測序。通過苯-酚/氯仿抽提和醇沉淀能夠有效地將DNA中的GelRed移除。


A. 預(yù)制凝膠法

1. 常規(guī)方法準(zhǔn)備熔化的凝膠。預(yù)制膠法不適用于聚丙烯酰胺凝膠,對于聚丙烯

酰胺凝膠請使用泡染法。

2. 將GelRed(10,000X)原液以1:10,000比例加入到熔化的凝膠中,*混勻。

GelRed可在加熱后的凝膠冷卻至45℃左右(實驗時不燙手為準(zhǔn))時添加。

3. 倒膠,室溫下凝固。

4. 按常規(guī)方法上樣電泳。注:預(yù)制膠中橙色的G示蹤染料和GelRed不兼容。

5. 觀察染色凝膠使用標(biāo)準(zhǔn)的透照儀(302或312 nm),成像使用溴化乙錠濾光器,SYBR或GelStar濾光器凝膠成像也可以得到很好的結(jié)果。

6. 未使用的含有GelRed的預(yù)制凝膠可以重新熔化做膠,為保證佳熒光信號,酌情添加適量染料。不建議長期儲存含有GelRed熔化形式的瓊脂糖。含有GelRed的預(yù)制膠可以保存在4℃供下次使用。


B. 泡染法

1. 按照常規(guī)方法進(jìn)行凝膠電泳。

2. 稀釋 GelRed :用水將10,000X儲備液稀釋3300倍制成3X染色液。通常情況下50mL染色液足夠染一小塊凝膠。

注:染色液中含有0.1 M NaCl能增強靈敏度,但可能會促使凝膠染色出現(xiàn)沉淀。

3. 把凝膠放于合適的容器,如聚丙烯染色托盤中。添加足量的3X染色液至浸沒凝膠。

4. 室溫緩慢振蕩染色30min。注:佳染色時間根據(jù)凝膠厚度以及瓊脂糖濃度不同略有不同。對于含3.5-10%丙烯酰胺的凝膠,染色時間通常介于30min至1h,并隨丙烯酰胺含量增加而延長。

5. 不必脫色,必要的話可以水洗以降低背景值。

6. 使用標(biāo)準(zhǔn)的透照儀(302或312 nm)觀察染色凝膠,成像使用溴化乙錠濾光器,SYBR 或 GelStar濾光器凝膠成像也可以得到很好的結(jié)果。

7. 染色液可重復(fù)使用2-3次,室溫下避光保存。

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